Tuy nhiên, ngành nuôi trồng thủy sản đang đối mặt với nhiều thách thức về môi trường. Trong đó, thức ăn thủy sản là yếu tố gây áp lực lớn do phụ thuộc vào nguồn cá biển hoang dã hoặc nguyên liệu từ cây trồng không bền vững. Các giải pháp đang được triển khai bao gồm sử dụng phụ phẩm, protein thay thế và phát triển công nghệ thức ăn tuần hoàn. Bên cạnh đó, mô hình nuôi trồng thủy sản đa tầng tích hợp (IMTA) giúp quản lý chất thải hiệu quả, tối ưu tài nguyên như nước ngọt và đất đai, đồng thời hạn chế rủi ro đối với hệ sinh thái tự nhiên. Rong biển cũng được xem là nguồn nguyên liệu chiến lược nhờ tiềm năng kinh tế và lợi ích môi trường như hấp thụ CO₂ và cải thiện chất lượng nước. Một yếu tố then chốt khác là truy xuất nguồn gốc. Người tiêu dùng ngày càng quan tâm đến tính minh bạch và chứng nhận bền vững như MSC, ASC hay Global G.A.P. Doanh nghiệp có hệ thống truy xuất rõ ràng không chỉ tạo dựng niềm tin mà còn nâng cao khả năng cạnh tranh và giảm rủi ro thị trường. Sự liên kết chặt chẽ trong toàn chuỗi cung ứng là nền tảng để ngành thủy sản châu Á phát triển theo hướng bền vững và có trách nhiệm.