Ngoài việc chi phí giá thành cho sản xuất tăng chóng mặt ngay từ đầu năm thì cước vận tải biển đang là vấn đề nóng đối với các DN XK thủy sản Việt Nam. Theo một số DN, giá cước tàu đi tuyến châu Âu vừa mới hạ nhiệt thì tuyến đi Mỹ lại rất căng thẳng. Hiện nay, chỗ trống cho hàng đông lạnh đi Mỹ của hầu hết các hãng tàu đều rất ít vì các hãng tàu ưu tiên cho hàng khô vì giá cước có lợi hơn. Theo phản ánh của một DN XK cá tra tại Cần Thơ, giá cước tàu cho tuyến đi Mỹ, DN thủy sản như cá nằm trên thớt, đặt được chuyến là mừng cho dù chưa biết giá cước là bao nhiêu vì các hãng tàu báo giá rất trễ và hiệu lực chỉ từ 10 – 15 ngày. Thậm chí, DN đã book được chỗ nhưng vì một lý do nào đó không thể xuất như lịch thì cũng mất hơn 1.500 USD/container. Hiện nay, DN thủy sản không biết phải "bơi " làm sao vì giờ đây các hãng tàu đã là các "thượng đế " rồi. Mới nhất, hãng tàu MSC cho biết, bắt đầu từ tháng 4/2021 sẽ cắt toàn bộ hàng đông lạnh đi Mỹ. Việc này sẽ làm tăng tải cho tuyến khác vốn đã quá tải trong nhiều tháng nay. Hơn nữa, rất nhiều hãng tàu không cho đặt chỗ trước, còn nếu chờ tới ngày xuất hàng mới đặt chuyến thì lại không còn chỗ để book.