PSMA đã giúp cho các nước thực hiện các biện pháp tại các cảng cá để ngăn chặn các hoạt động đánh bắt bất hợp pháp, không khai báo và không theo quy định (IUU) xâm nhập vào chuỗi cung ứng. Các cảng biển này có thể kiểm tra các tàu nước ngoài và từ chối cho phép cập cảng hoặc cung cấp dịch vụ cho các tàu có liên quan đến hoạt động đánh bắt IUU. Cho đến nay, đã có 68 quốc gia phê chuẩn hiệp định này. Indonesia đã phê chuẩn nó vào năm 2016. Không có dữ liệu chính thức từ Chính phủ Indonesia về thiệt hại kinh tế do đánh bắt IUU. Tuy nhiên, ông Rokhmin Dahuri, cựu Bộ trưởng Hàng hải và Thủy sản, đồng thời là cố vấn hiện tại của chính phủ, đã phát biểu trong một cuộc họp vào tháng 9/2020 rằng ông tin rằng con số này đ꧟ạt trung bình 1 triệu tấn/năm, tương đương 3 tỷ USD. 4 cảng tuân thủ PSMA bao gồm ba cảng cá biển – Nizam Zachman ở Jakarta, Bungus ở Padang, Bitung ở Bắc Sulawesi – cũng như Benoa, một cảng thường xuyên ở Bali cũng phục vụ các tàu cá ngừ. Chúng được Chính phủ lựa chọn vì chúng có thể tiếp cận được với các tàu kho lạnh nước ngoài có mớn nước trên 9 mét. Bộ Thủy sản đã thừa nhận những thách thức trong hoạt động khi triển khai PSMA tại các cảng này. Ông Tri Aris Wibowo, Giám đốc cảng nghề cá biển của Bộ, cho biết việc thiếu cán bộ làm việc tại cảng và cơ sở vật chất cảng không đầy đủ, chẳng hạn như thiếu bến sâu, là những thách thức chính trong việc tuân thủ PSMA. 3 cảng khác đang được xem xét triển khai PSMA: Marunda ở Jakarta, Tanjung Perak ở Surabaya và Tanjung Wangi ở Banyuwangi. Mặc dù không được coi là cảng cá biển nhưng những cảng này đều có thể tiếp nhận các tàu nước ngoài có mớn nước 9 mét. Tuy nhiên, có một cuộc tranh luận về trọng tâm của việc thực hiện PSMA, một số người cho rằng nó nên nhắm vào tất cả 578 cảng cá của đất nước. Hầu hết trong số này nằm ở phía tây đất nước và phục vụ ít tàu hơn và nhỏ hơn nhiều so với các cảng cá trên biển. Bà Sri Yanti, quyền giám đốc các vấn đề hàng hải và thủy sản tại Bộ Phát triển quốc gia, cho biết “miền đông Indonesia vẫn còn hạn chế” về phát triển cơ sở hạ tầng cảng cá. Các cảng ở phía tây có xu hướng được trang bị tốt hơn với cơ sở hạ tầng và nguồn lực cần thiết để quản lý các tàu nước ngoài lớn hơn và thực thi PSMA. Thách thức của họ là còn hạn chế về nhân lực, cơ sở vật chất, điều kiện cảng còn thấp so với yêu cầu. Để thực hiện PSMA, Indonesia phải đảm bảo có sẵn khuôn khổ pháp lý và quy định phù hợp, đồng thời phát triển năng lực thể chế để thực hiện thanh tra và giám sát việc tuân thủ. Các tiêu chuẩn dịch vụ cảng tối thiểu bao gồm các yếu tố như tốc độ kiểm tra tài liệu và độ chính xác của việc kiểm tra. Zulficar Mochtar, Giám đốc điều hành của Ocean Solutions Indonesia (OSI), một tổ chức phi chính phủ, cho biết cảng Benoa đã kiểm tra các tàu mang cờ nước ngoài về các vấn đề như thay đổi thuyền viên và tiêu thụ nhiên liệu, có thể cho thấy có liên quan đến hoạt động đánh bắt không được báo cáo. Tổng số cảng sẵn sàng triển khai PSMA ở Indonesia vẫn còn nhỏ khi so sánh với các quốc gia như Thái Lan, nơi có ít nhất 23 cảng tuân thủ PSMA. Ông Mochtar cho biết PSMA đóng một vai trò quan trọng, tương tự như kiểm soát biên giới, đối với các tàu nước ngoài, bao gồm kiểm tra mục đích chuyến thăm, tài liệu, theo dõi hành trình và lịch sử đánh bắt IUU. Ông nhấn mạnh rằng thách thức quốc gia và toàn cầu về việc thiếu dữ liệu trong việc giải quyết vấn đề đánh bắt IUU. Việc chia sẻ dữ liệu toàn cầu về đánh bắt IUU là cần thiết giữa tất cả các cảng, đồng thời ủng hộ việc giám sát toàn diện hơn hoạt động di chuyển của các tàu cá trên toàn thế giới. Mochtar giải thích rằng dữ liệu yếu đang làm suy yếu tính hiệu quả của các chính sách và chiến lược. Ông cho biết, dữ liệu về tàu thuyền, sản xuất, ngư dân và năng suất vẫn còn hạn chế. Theo ông, các nước dễ dàng theo dõi, kiểm tra và chặn thông qua cơ chế PSMA. Tuy nhiên, nếu không có số liệu giao thông và chỉ dẫn của những người vi phạm thì khó thực hiện.” Những thách thức đối với PSMA bao gồm việc chia sẻ hồ sơ tàu, có thể chỉ ra các vi phạm về đánh bắt IUU, thực hiện giao thức và tiêu chuẩn của PSMA cũng như xây dựng năng lực. Nếu không có 3 điều này, PSMA sẽ không tối ưu. Ông Moh Abdi Suhufan, điều phối viên quốc gia của Tổ chức Theo dõi đánh cá hủy diệt (DFW) Indonesia, một tổ chức phi chính phủ tập trung vào các vấn đề thủy sản bền vững, nhấn mạnh sự cần thiết phải giám sát tổng hợp và thực thi pháp luật theo PSMA. Ngoài việc ngăn chặn việc đánh bắt trái phép, ông nhấn mạnh tầm quan trọng của việc đảm bảo rằng thủy thủ đoàn trên các tàu quá cảnh hoặc cập bến các cảng tuân thủ PSMA không bị cưỡng bức lao động hoặc buôn người. Suhufan cho biết hiện tại, thiếu cơ chế và công cụ để giám sát thuyền viên tại các cảng PSMA ở Indonesia.